On the Nature of Nucleobase Stacking in RNA: A Comprehensive Survey of Its Structural Variability and a Systematic Classification of Associated Interactions
نویسندگان
چکیده
The astonishing diversity in folding patterns of RNA three-dimensional (3D) structures is crafted by myriads noncovalent contacts, which base pairing and stacking are the most prominent. A systematic comprehensive classification annotation these interactions necessary for a molecular-level understanding their roles. However, unlike case pairing, where widely accepted nomenclature scheme exists public domain, currently available schemes base–base need major enhancements to comprehensively capture features underlying rich RNA. Here, we extend previous based on nucleobase interacting faces introducing structurally intuitive geometry-cum topology-based scheme. Specifically, stack first classified terms geometry described relative orientation glycosidic bonds, generates eight basic geometric families heterodimeric stacks six those homodimeric stacks. Further identity bases region involvement purines (five-membered, six-membered, or both rings) leads enumeration 384 distinct Based our scheme, present an algorithm automated identification crystal analyze context selected structures. Overall, work here expected greatly facilitate structure-based research.
منابع مشابه
the survey of the virtual higher education in iran and the ways of its development and improvement
این پژوهش با هدف "بررسی وضعیت موجود آموزش عالی مجازی در ایران و راههای توسعه و ارتقای آن " و با روش توصیفی-تحلیلی و پیمایشی صورت پذیرفته است. بررسی اسنادو مدارک موجود در زمینه آموزش مجازی نشان داد تعداد دانشجویان و مقاطع تحصیلی و رشته محل های دوره های الکترونیکی چندان مطلوب نبوده و از نظر کیفی نیز وضعیت شاخص خدمات آموزشی اساتید و وضعیت شبکه اینترنت در محیط آموزش مجازی نامطلوب است.
the innovation of a statistical model to estimate dependable rainfall (dr) and develop it for determination and classification of drought and wet years of iran
آب حاصل از بارش منبع تأمین نیازهای بی شمار جانداران به ویژه انسان است و هرگونه کاهش در کم و کیف آن مستقیماً حیات موجودات زنده را تحت تأثیر منفی قرار می دهد. نوسان سال به سال بارش از ویژگی های اساسی و بسیار مهم بارش های سالانه ایران محسوب می شود که آثار زیان بار آن در تمام عرصه های اقتصادی، اجتماعی و حتی سیاسی- امنیتی به نحوی منعکس می شود. چون میزان آب ناشی از بارش یکی از مولفه های اصلی برنامه ...
15 صفحه اولon translation of politeness strategies in dialogues involving female characters in translations and retranslations of novels translated before and after the islamic revolution of iran and their effects on the image of women: a polysystem theory approach
abstract reception environment has considerable effects on accepting a translation. as the expectations of a target culture and its values and needs change throughout history, its criteria for accepting a translation or rejecting it will change accordingly (gentzler, 2001). the expectations of iran, as the reception environment in the present study, have changed after the islamic revolution. i...
epistemic modality in english and persian academic writing: a cross-linguistic study of genre on the notion of transfer
چکیده حیطه ی نوشتار دانشگاهی اخیرا شاهد تغییرات عمده ای از غیرشخصی بودن (عینی بودن) به شخصی بودن بوده است. شخصی بودن متون دانشگاهی اهمیت استفاده از وجهیت معرفتی را برجسته می سازد چرا که? وجهیت معرفتی? بر اساس یکی از تعاریف ارائه شده از این مقوله? ارتباط تنگاتنگی با شخصی بودن داشته و به عنوان بیان نظر شخصی گوینده در مورد جز گزاره ای گفته در نظر گرفته میشود. بنابراین? با در نظر داشتن نقاط مشترک...
15 صفحه اولذخیره در منابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ژورنال
عنوان ژورنال: Journal of Chemical Information and Modeling
سال: 2021
ISSN: ['1549-960X', '1549-9596']
DOI: https://doi.org/10.1021/acs.jcim.0c01225